A Metarhiziumban a fényre adott válaszban potenciálisan szerepet játszó elemek bioinformatikai vizsgálata

Olvasói vélemények

Jelenleg nincsenek olvasói vélemények. Az értékelés 2 olvasói szavazat alapján történt.

Eredeti címe:

Bioinformatics study of elements potentially involved in response to light in Metarhizium

Könyv tartalma:

A fény az egyik állandó abiotikus tényező a bolygón, és gyakorlatilag minden élő szervezet valamilyen módon reagál a fényingerre. A fényfelvétel után fontos szempont a génmoduláció; ez a mechanizmus bizonyos gének kifejeződésének serkentését vagy gátlását jelenti, amelyeknek valószínűleg a különböző környezeti feltételekhez való alkalmazkodás a célja. A gombáknál a fényre adott válasz igen fontos hatással van a cirkadián szabályozásban részt vevő génekre; ebben a folyamatban az frq és frh gének termékei időfüggő módon szabályozzák a fehérgalléros komplex (WCC) aktivitását.

Ezt a jelenséget szaprofita szervezetekben széles körben tanulmányozzák, azonban a kronobiológiában és fotobiológiában szerepet játszó molekuláris komponensek és mechanizmusok vizsgálata entomopatogén gombákban viszonylag új keletű. A Metarhiziumban vannak jelentések a fényinger által okozott fenotípusos hatásokról, beleértve az állandó fényben vagy fotoperiódusban történő növekedést; de nincs teljes leírás arról a mechanizmusról, amely ezeket a fotófüggő fenotípusos jellemzőket eredményezi.

A fényre reagáló gének széles körű eloszlása alapján a fonalas gombákban bioinformatikai elemzést végeztünk az említett gének szubgenomikus kontextusáról a Mauve és az RStudio szoftver segítségével. Azt találtuk, hogy a fényválaszgének állandónak tűnnek az elemzett genomokban, ami a Metarhizium nemzetségen belüli mikroszindrómás konzerváltságot mutatja, kivéve a wc2 gént. A lehetséges transzkripciós szabályozás jobb megértése érdekében elemeztük a fényválasz gének promótereit, feltételezett cisz-szabályozó elemeket keresve, konzervált motívumokat találtunk az összes elemzett Metarhiuzm fajban; ez a megközelítés lehetővé tette számunkra, hogy a fényre adott válasz és a cirkadián szabályozás további lehetséges génjeit azonosítsuk a nemzetség genomjában.

Végül különböző fényfüggő mechanizmusokat javasolunk, a feltételezett molekuláris komponensek és az e jellegzetes fenotípusokban részt vevő gének mellett.