A molekuláris szimuláció megértése - Az algoritmusoktól az alkalmazásokig (Frenkel Daan (FOM Institute for Atomic and Molecular Physics The Netherlands))

Olvasói vélemények

A könyv nagyra értékelt a molekuláris szimulációs módszerek világos magyarázatai miatt, így a hallgatók és kutatók körében egyaránt népszerű választás. Különösen hasznos a kezdők számára, és mind a Monte Carlo (MC), mind a molekuláris dinamikai (MD) technikákat lefedi. Néhány olvasó azonban problémásnak találja az e-könyv változat minőségét, az elavult programozási gyakorlatokra, például a Fortranra való támaszkodást, valamint a gyakorlati kódolási példák helyett az algoritmusokra való összpontosítást.

A molekulaszimulációs fogalmak világos magyarázata, kezdőknek is jó, hasznos algoritmusok, az MC és MD módszerek részletes lefedése, tanácsadók által ajánlott, kiváló minőségű nyomtatott változat.

Az e-könyv változat gyenge minőségben szenved, hiányzik a szöveg és a szimbólumok, az elavult Fortran kódra összpontosít, egyes tartalmak látszólag más klasszikus szövegekből másoltak, hiányoznak a fejlett MD technikák, nem biztos, hogy jól szolgálja a haladó felhasználókat.

(23 olvasói vélemény alapján)

Eredeti címe:

Understanding Molecular Simulation - From Algorithms to Applications (Frenkel Daan (FOM Institute for Atomic and Molecular Physics The Netherlands))

Könyv tartalma:

Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications elmagyarázza a molekuláris szimuláció "receptjei" mögött rejlő fizikát az anyagtudomány számára. A számítógépes szimulátorok folyamatosan szembesülnek azzal a kérdéssel, hogy egy adott alkalmazáshoz milyen technikát válasszanak. Sokféle eszköz létezik, ezért a technika kiválasztása az alapelvek jó ismeretét igényli. Ennél is fontosabb, hogy ez a megértés nagymértékben javíthatja a szimulációs program hatékonyságát. A szimulációs módszerek megvalósítását pszeudokódokkal és gyakorlati alkalmazásukkal a szövegben használt esettanulmányok szemléltetik.

Az alig öt évvel ezelőtti első kiadás óta a szimuláció világa jelentősen megváltozott -- a jelenlegi technikák kiforrottak, és újak jelentek meg. Ez az új kiadás ezekkel az új fejleményekkel foglalkozik; különösen a következő témakörökkel foglalkozó fejezetek találhatók benne:

- Átmeneti útvonal-mintavételezés és diffúz gátak átlépése a szimulaterális eseményekhez.

- Disszipatív részecskedinamika mint pályaszintű szimulációs technika.

- Új sémák a nagy távolságú erők kiszámítására.

- Hamiltonos és nem Hamiltonos dinamika az állandó hőmérsékletű és állandó nyomású molekuladinamikai szimulációk kontextusában.

- Többszörös időlépéses algoritmusok mint a kényszerek alternatívája.

- Hibák szilárd testekben.

- A metszéssel dúsított Rosenbluth-mintavételezés, visszahatás-növekedés és összehangolt forgások komplex molekulákhoz.

- Párhuzamos temperálás üveges Hamiltonok számára.

Az aktuális alkalmazásokat kiemelő példák szerepelnek, és az esettanulmányok kódjai elérhetők a világhálón. Az első kiadás óta számos új példával bővült a legújabb alkalmazások illusztrálására. Az új kiadásban kérdések is szerepelnek. A számítógépes szimulációval kapcsolatos előzetes ismereteket nem feltételezünk.