Protein-Protein Interaction Networks: Methods and Protocols
Ez a kötet olyan technikákat vizsgál, amelyek a fehérjék közötti kölcsönhatásokat tanulmányozzák különböző fajokban, és ezeket kontextus-specifikus adatokkal, omics-adathalmazok elemzésével kombinálja, valamint az egyes kölcsönhatásokat magasabb rendű szemantikai egységekké, azaz fehérjekomplexekké és funkcionális modulokká állítja össze. A könyv fejezetei olyan számítási módszerekkel foglalkoznak, amelyek olyan változatos feladatokat oldanak meg, mint például a funkcionális fehérje-fehérje kölcsönhatások előrejelzése.
A kölcsönhatási hálózatok összehangoláson alapuló összehasonlítása a SANA segítségével.
A RaptorX-ComplexContact webszerver használata a fehérjék közötti maradék-szermaradvány kapcsolatok előrejelzésére.
A bináris kölcsönhatásokban részt vevő fehérjék alternatív megerősítéseinek dokkolása és a dokkoló modell vizuálisan irányított kiválasztása a COZOID segítségével.
Új funkcionális egységek felderítése a KeyPathwayMiner segítségével, valamint az, hogy a PathClass hogyan használhatja fel az ilyen de novo útvonalakat az emlőrák altípusainak osztályozására. A nagy sikerű Methods in Molecular Biology sorozat formátumában megírt fejezetek tartalmaznak bevezetést az adott témához, a szükséges hardver- és szoftverek listáját, lépésről lépésre könnyen reprodukálható számítási protokollokat, valamint tippeket a hibaelhárításra és az ismert buktatók elkerülésére.
A Protein-Protein Interakciós Hálózatok című könyv korszerű és átfogó: Methods and Protocols (Módszerek és protokollok) értékes forrás mind a kezdő, mind a tapasztalt kutatók számára, akik többet szeretnének megtudni erről a fejlődő területről.