Genomika a felhőben: A Docker, a Gatk és a Wdl használata a Terrában

Olvasói vélemények

A könyv átfogó és közérthető bevezetést nyújt a számítógépes genomikába, gyakorlati feladatokkal és lépésről lépésre történő megközelítéssel. Bár tartalma és tanítási stílusa kedvező fogadtatásra talált, vannak panaszok a grafika minőségére és a humán genomikára való összpontosításra, és néhány olvasó a gyorsan változó technológia miatt frissítéseket remél.

⬤ Tömör bevezetés a számításba és a genomikába
⬤ lépésről lépésre történő útmutatás a gyakorlati feladatokhoz
⬤ humoros és magával ragadó írói stílus
⬤ átfogó hivatkozás a legjobb gyakorlatokra
⬤ hasznos a GATK felhasználók számára
⬤ kezdők és tapasztalt kutatók számára egyaránt hozzáférhető
⬤ jól strukturált a csoportos tanuláshoz.

⬤ Az ábrák és grafikák gyenge minősége
⬤ egyes tartalmak elavulhatnak az új technológiák megjelenésével
⬤ a nem humán genomikára való korlátozott összpontosítás
⬤ a fizikai példányok nyomtatási minőségével kapcsolatos problémák.

(8 olvasói vélemény alapján)

Eredeti címe:

Genomics in the Cloud: Using Docker, Gatk, and Wdl in Terra

Könyv tartalma:

A genomika területén az adatok mennyisége robbanásszerűen növekszik. Néhány éven belül az olyan szervezetek, mint a National Institutes of Health (NIH), több mint 50 petabájt - vagyis több mint 50 millió gigabájt - genomikai adatot fognak tárolni, és a felhőinfrastruktúrához fordulnak, hogy ezeket az adatokat a kutatóközösség számára elérhetővé tegyék.

Hogyan lehet az elemzőeszközöket és protokollokat úgy átalakítani, hogy hozzáférjenek és elemezzék ezt az adatmennyiséget a felhőben? Ebből a gyakorlatias könyvből a kutatók megtanulják, hogyan dolgozzanak a genomikai algoritmusokkal nyílt forráskódú eszközökkel, többek között a Genome Analysis Toolkit (GATK), a Docker, a WDL és a Terra segítségével. Geraldine Van der Auwera, a GATK felhasználói közösségének régi letéteményese és Brian O'Connor, a UC Santa Cruz Genomikai Intézet munkatársa végigvezet a folyamaton.

Valódi adatokkal és genomikai algoritmusokkal dolgozva tanulhatsz a gyakorlatból. Ez a könyv a következőkkel foglalkozik: Alapvető genomikai és számítástechnikai háttér Alapvető felhőalapú számítástechnikai műveletek A GATK-val való kezdés, valamint három fő GATK Best Practices pipeline Az elemzés automatizálása szkriptelt munkafolyamatokkal a WDL és a Cromwell segítségével A munkafolyamatok felhőben történő végrehajtásának skálázása, beleértve a párhuzamosítást és a költségoptimalizálást Interaktív elemzés a felhőben a Jupyter notebookok segítségével Biztonságos együttműködés és számítási reprodukálhatóság a Terra használatával.