Kezdő Perl a bioinformatika számára

Olvasói vélemények

A 'Beginning Perl for Bioinformatics' című könyv a Perl programozás oktatását célozza, kifejezetten a biológiai tudományok, különösen a bioinformatika területén dolgozók számára. A könyv olyan kezdők számára készült, akik nem rendelkeznek korábbi programozási tapasztalattal, és pozitív visszajelzéseket kapott világos magyarázatai, gyakorlati példái és a programozási fogalmak demisztifikálására való képessége miatt. Ugyanakkor több vélemény megemlíti, hogy a könyv nem elég átfogó, és elavult lehet, ami a szkriptek hibakeresésével kapcsolatos lehetséges problémákhoz vezethet.

⬤ Jól szervezett és könnyen érthető a kezdők számára.
⬤ Finom bevezetést nyújt a Perl nyelvbe, gyakorlati alkalmazásokkal a bioinformatika területén.
⬤ Világos példákat és gyakorlatokat tartalmaz, amelyek relevánsak a biológiai problémákhoz.
⬤ Hatékonyan tanítja az alapvető programozási fogalmakat és a reguláris kifejezéseket.
⬤ Kifejezetten ajánlott kiindulópontként a programozást tanulni kívánó biológusok számára.

⬤ Néhány felhasználó szerint a könyv túlságosan alapszintű és nem elég mély a haladóbb tanulók számára.
⬤ Sok kritikus megjegyezte, hogy a könyv elavult, ami a szkriptek hibakeresésével kapcsolatos problémákhoz vezethet.
⬤ Néhány példa és magyarázat lehetne jobb, különösen az összetett témák esetében.
⬤ Nem alkalmas a Perl-tudással rendelkezők számára.

(47 olvasói vélemény alapján)

Eredeti címe:

Beginning Perl for Bioinformatics

Könyv tartalma:

Az adatokban található minták felismerésére való fejlett képességével a Perl az egyik legnépszerűbb nyelvvé vált a biológiai adatelemzésben. De ha Ön olyan biológus, akinek kevés vagy semmilyen programozási tapasztalata nincs, a Perl nyelvvel való kezdés kihívást jelenthet. Sok biológus nehezen tanulja meg, hogyan alkalmazza a nyelvet a bioinformatika területén. A legnépszerűbb Perl programozási könyvek gyakran túlságosan elméleti jellegűek és túlságosan a számítástechnikára összpontosítanak egy nem programozó biológus számára, akinek nagyon konkrét problémákat kell megoldania. A Beginning Perl for Bioinformatics célja, hogy gyorsan átlendítsen a Perl nyelvi akadályokon, mivel a programozást fontos új laboratóriumi készségként közelíti meg, és olyan Perl programokat és technikákat mutat be, amelyek azonnal hasznosak a laboratóriumban. Minden fejezet egy adott bioinformatikai probléma vagy problémaosztály megoldására összpontosít, a legegyszerűbbekkel kezdve, és a könyv előrehaladtával egyre bonyolultabbá válik. Minden fejezet programozási feladatokat tartalmaz, és a bioinformatika tanítása során olyan programokat mutatunk be és módosítunk, amelyek különböző típusú gyakorlati biológiai problémákkal foglalkoznak. A könyv végére szilárd ismeretekkel rendelkezünk a Perl alapjairól, olyan feladatokhoz szükséges programok gyűjteményével, mint a BLAST és a GenBank elemzése, és olyan készségekkel, amelyekkel a haladóbb bioinformatikai programozást is elsajátíthatjuk. A későbbi fejezetek némelyike részletesebben foglalkozik egyes bioinformatikai témákkal.

Ez a könyv alkalmas tantermi tankönyvként, önképzésre és referenciaként való használatra. A könyv a következőket tartalmazza: A programozás alapjai és a DNS-szekvenciákkal és karakterláncokkal való munka.

A kód hibakeresése.

Génmutációk szimulálása véletlenszám-generátorok segítségével.

Reguláris kifejezések és motívumok keresése az adatokban.

Táblák, hash-ek és relációs adatbázisok.

Szabályos kifejezések és restrikciós térképek.

Perl használata PDB rekordok, GenBank annotációk és BLAST kimenet elemzésére.