Mastering Python for Bioinformatics: Hogyan írjunk rugalmas, dokumentált, tesztelt Python kódot a kutatói számítástechnikához?

Olvasói vélemények

A könyv átfogó forrás a bioinformatika elsajátításához, gyakorlati példákat kínál, alaposan elmagyarázza a fogalmakat, és a bioinformatikusok számára szükséges szoftverfejlesztési készségekre összpontosít. A könyvben található néhány kód azonban hibás lehet, ami további segítség nélkül akadályozhatja a haladást.

⬤ Nagyszerű bioinformatika tanuláshoz, valós kihívásokból vett gyakorlati példákkal.
⬤ Részletes magyarázatok a megoldások mögötti érvelésről.
⬤ Értékes értekezés a programok összeállításáról és az adatok hatékony felhasználásáról.
⬤ Tartalmat tartalmaz a programozás teszteléséről és dokumentálásáról.
⬤ Alkalmas bizonyos programozási tapasztalattal rendelkező egyének számára.

⬤ Néhány kódpélda hibás, a javításhoz esetleg külső segítségre van szükség.
⬤ Lehet, hogy nem alkalmas teljesen kezdő biológusok vagy programozók számára előzetes ismeretek nélkül.

(3 olvasói vélemény alapján)

Eredeti címe:

Mastering Python for Bioinformatics: How to Write Flexible, Documented, Tested Python Code for Research Computing

Könyv tartalma:

Az élettudósoknak ma sürgősen szükségük van a bioinformatikai ismeretek oktatására. Túl sok bioinformatikai program rosszul van megírva és alig karbantartva, általában olyan diákok és kutatók által, akik soha nem tanultak meg alapvető programozási ismereteket. Ez a gyakorlati útmutató megmutatja a posztdoktori bioinformatikus szakembereknek és hallgatóknak, hogyan használhatják ki a Python legjobb részeit a biológiai problémák megoldására, miközben dokumentált, tesztelt, reprodukálható szoftvereket hoznak létre.

Ken Youens-Clark, a Tiny Python Projects (Manning) szerzője nemcsak azt mutatja be, hogyan írjunk hatékony Python-kódot, hanem azt is, hogyan használjuk a teszteket tudományos programok írásához és refaktorálásához. Megismerheti a Python legújabb funkcióit és eszközeit, köztük a lintereket, formázókat, típusellenőrzőket és teszteket, hogy dokumentált és tesztelt programokat készíthessen. Emellett 14 feladatot oldasz meg a Rosalindban, amely egy problémamegoldó platform a bioinformatika és a programozás elsajátításához.

⬤ Parancsnoki Python programok készítése a paraméterek dokumentálásához és érvényesítéséhez.

⬤ Teszteket írsz a refaktorált programok ellenőrzésére és helyes működésük megerősítésére.

⬤ Bioinformatikai ötletek feldolgozása Python adatstruktúrák és modulok, például a Biopython segítségével.

⬤ Hozzon létre reprodukálható parancsikonokat és munkafolyamatokat makefile-ok használatával.

⬤ Elvégezze az alapvető bioinformatikai fájlformátumok, például a FASTA és a FASTQ tagolását.

⬤ Szövegminták keresése reguláris kifejezések segítségével.

⬤ Használja a Python magasabb rendű függvényeit, mint a filter(), map() és reduce().