Bioinformatika Python szakácskönyvvel - Harmadik kiadás: Modern Python könyvtárak és alkalmazások használata valós számítógépes biológiai problémák megoldásához

Olvasói vélemények

A Bioinformatika Pythonnal című könyvet a kezdők és a tapasztalt felhasználók számára egyaránt dicsérik átfogó lefedettségéért és gyakorlati útmutatásaiért. Jelentős problémái vannak azonban, többek között a problémás kódpéldák és a gyenge nyomtatási minőség, ami csökkenti a könyv referenciaértékét.

⬤ A bioinformatikai témák és a projektmenedzsmenttel kapcsolatos megfontolások átfogó lefedettsége.
⬤ Kiváló gyakorlati feladatok a valós bioinformatikai feladatokhoz.
⬤ Kezdőknek és tapasztalt felhasználóknak egyaránt alkalmas, naprakész eszközökkel és témákkal.
⬤ Hasznos forrásokat és útmutatást nyújt a bioinformatikai Python-ismeretek fejlesztéséhez.

⬤ Sok kódpélda nem működik vagy elavult, ami frusztrációhoz vezet.
⬤ Gyenge nyomtatási minőség, rosszul nyomtatott oldalak és fekete-fehér illusztrációk.
⬤ Néhány felhasználó a magyarázatokat más forrásokhoz képest nem találta egyértelműnek és kevéssé hasznosnak.

(10 olvasói vélemény alapján)

Eredeti címe:

Bioinformatics with Python Cookbook - Third Edition: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems

Könyv tartalma:

Fedezze fel a modern, következő generációs szekvenáló könyvtárakat a nagy teljesítményű Python ökoszisztémából, hogy élvonalbeli kutatásokat végezzen és nagy mennyiségű biológiai adatot elemezzen

Főbb jellemzők:

⬤ Történjen komplex bioinformatikai elemzést a legfontosabb Python könyvtárak és alkalmazások segítségével.

⬤ Újgenerációs szekvenálás, metagenomika, elemzés automatizálása, populációgenetika és még sok más.

⬤ Tárja fel a különböző statisztikai és gépi tanulási technikákat a bioinformatikai adatok elemzéséhez.

A könyv leírása:

A bioinformatika aktív kutatási terület, amely számos egyszerűtől a fejlett számításokig terjedő számítási módot használ arra, hogy értékes információkat nyerjen ki a biológiai adatokból, és ez a könyv megmutatja, hogyan kezelje ezeket a feladatokat Python segítségével.

A Bioinformatika Python szakácskönyvvel című könyv frissített harmadik kiadása a Python ökoszisztémában található különböző eszközök és könyvtárak gyors áttekintésével kezdődik, amelyek segítenek a biológiai adathalmazok átalakításában, elemzésében és vizualizálásában. Ezután az újgenerációs szekvenálás, az egysejtes elemzés, a genomika, a metagenomika, a populációgenetika, a filogenetika és a proteomika kulcsfontosságú technikáit ismerteti valós példák segítségével. Megtanulja, hogyan dolgozzon a fontos csővezetékrendszerekkel, például a Galaxy szerverekkel és a Snakemake-kel, és megérti a Python különböző moduljait a funkcionális és aszinkron programozáshoz. Ez a könyv olyan témák felfedezésében is segít, mint például az SNP-k felfedezése statisztikai megközelítésekkel, nagy teljesítményű számítási keretrendszerek, köztük a Dask és a Spark alatt. Ezen túlmenően a gépi tanulási algoritmusok bioinformatikai alkalmazását is megismerheti.

A bioinformatika Python könyv végére olyan ismeretekkel leszel felvértezve, amelyekkel a legújabb programozási technikákat és keretrendszereket alkalmazhatod, és amelyek képessé tesznek a bioinformatikai adatok minden léptékű kezelésére.

Amit tanulni fog:

⬤ Az adatfeldolgozó könyvtárak, például a NumPy, a pandas, az arrow és a zarr ismerete a bioinformatikai elemzéssel összefüggésben.

⬤ Kapcsolódjon genomikai adatbázisokkal.

⬤ Valós problémák megoldása a populációgenetika, a filogenetika és a proteomika területén.

⬤ Bioinformatikai pipelinek építése Galaxy szerver és Snakemake használatával.

⬤ Funkcionális programozáshoz functools és itertools programokkal való munka.

⬤ Párhuzamos feldolgozás végzése Daskkal biológiai adatokon.

⬤ Fő komponenselemzési (PCA) technikák felfedezése scikit-learn segítségével.

Kinek szól ez a könyv:

Ez a könyv bioinformatikai elemzőknek, adattudósoknak, számítógépes biológusoknak, kutatóknak és Python-fejlesztőknek szól, akik középhaladó és haladó szintű biológiai és bioinformatikai problémákkal szeretnének foglalkozni. Elvárás a Python programozási nyelv munkatudása. A biológiai alapismeretek is hasznosak lesznek.