Bioinformatika Python szakácskönyvvel - Második kiadás: Tanulja meg, hogyan használhatja a modern Python bioinformatikai könyvtárakat és alkalmazásokat a legmodernebb kutatások elvégzéséhez.

Olvasói vélemények

A könyv érthető, lépésről-lépésre történő útmutatást nyújt a Python nyelv használatával megvalósuló bioinformatikai projektekhez, és a már némi előismerettel rendelkező olvasóknak szól. A feltételezett ismeretek és az elavult kódok miatt azonban nem alkalmas kezdőknek.

Értelmes és részletes útmutatások haladó bioinformatikai projektekhez. Jó a bioinformatikai és Python-ismeretekkel rendelkező olvasóknak. A legmodernebb alkalmazásokkal foglalkozik a Biopythonban.

Előzetes Python- és bioinformatikai ismereteket feltételez, ezért kezdők számára nem alkalmas. A kód elavult, és néhány használt könyvtár már nem elérhető. A könyv állapotával kapcsolatos problémák a kézbesítéskor.

(4 olvasói vélemény alapján)

Eredeti címe:

Bioinformatics with Python Cookbook - Second Edition: Learn how to use modern Python bioinformatics libraries and applications to do cutting-edge rese

Könyv tartalma:

Fedezze fel a modern, következő generációs szekvenáló könyvtárakat a Python ökoszisztémából nagy mennyiségű biológiai adat elemzésére

Főbb jellemzők

⬤ Történjen komplex bioinformatikai elemzést a legfontosabb Python könyvtárak és alkalmazások segítségével.

⬤ Újgenerációs szekvenálás, metagenomika, elemzés automatizálása, populációgenetika és sok más.

⬤ Tárja fel a különböző statisztikai és gépi tanulási technikákat a bioinformatikai adatok elemzéséhez.

Könyvismertető

A bioinformatika aktív kutatási terület, amely egyszerű és fejlett számítások széles skáláját használja arra, hogy értékes információkat nyerjen ki a biológiai adatokból.

Ez a könyv az újgenerációs szekvenálást, a genomikát, a metagenomikát, a populációgenetikát, a filogenetikát és a proteomikát tárgyalja. Megtanulhat modern programozási technikákat nagy mennyiségű biológiai adat elemzésére. Valós példák segítségével különböző Python-eszközök és -könyvtárak segítségével konvertálhat, elemezhet és vizualizálhat adathalmazokat.

Ez a könyv segít jobban megérteni a Galaxy szerverrel való munkát, amely a legszélesebb körben használt bioinformatikai webes csővezetékrendszer. Ez a frissített kiadás tartalmazza a fejlett újgenerációs szekvenálási szűrési technikákat is. Olyan témákat is felfedezhet, mint az SNP-k felfedezése statisztikai megközelítésekkel olyan nagy teljesítményű számítási keretrendszerek mellett, mint a Dask és a Spark.

A könyv végére képes lesz arra, hogy a bioinformatikai adatok egyre növekvő áradatának kezelésére modern programozási technikákat és keretrendszereket használjon és alkalmazzon.

Mit fog tanulni?

⬤ Megtanulja, hogyan dolgozzon fel nagyméretű, következő generációs szekvenálási (NGS) adathalmazokat.

⬤ Munkálkodjon genomikai adatkészletekkel a FASTQ, BAM és VCF formátumok használatával.

⬤ Tanulja meg, hogyan végezzen szekvencia-összehasonlítást és filogenetikai rekonstrukciót.

⬤ Történjen komplex elemzést protemikus adatokkal.

⬤ Használja a Python nyelvet a Galaxy szerverekkel való interakcióra.

⬤ Nagy teljesítményű számítási technikák használata Dask és Spark segítségével.

⬤ Vizualizálja a fehérjeadathalmazok kölcsönhatásait a Cytoscape segítségével.

⬤ Két gépi tanulási technika, a PCA és a Decision Trees használata biológiai adathalmazokkal.